おまけ

gradlew で　ndk-build を直接実行した場合
app\build\intermediates\ndk\debug　に Android.mk がその都度作成されるようです
ですので　build.gradle 内の　ndk{} で色々記載した結果が
本来実行したい　Android.mk の内容と同じになれば
gradlewから直接コンパイルができる様になると思われます